В 1958 г. было принято постановление Президиума АН СССР о создании Бурят-Монгольского комплексного научно-исследовательского института, в состав которого вошел Бурят-Монгольский научно-исследовательский институт культуры и Бурят-Монгольская экономгеографическая группа Восточно-Сибирского филиала СО АН СССР.

С организацией БКНИИ развитие науки в Бурятии принимает комплексный характер. Развиваются новые научные направления, которые ранее в Бурятии не были представлены: радиофизика, геология, почвоведение, социология, экономика, востоковедение.

Основной задачей Бурятского комплексного НИИ стала разработка проблем, связанных с развитием производительных сил республики, а также научных исследований фундаментального свойства.

Сотрудники института принимают участие в выполнении комплексных программ АН СССР, во всесоюзных и международных конференциях. За годы существования БКНИИ проведены исследования по 42 темам, представлены 140 рекомендаций для внедрения в народное хозяйство, опубликовано 119 работ объемом 1465 а.л.  

• Изучены закономерности распределения микроэлементов в почве и растениях, в т.ч. связанных с полиметаллическими месторождениями;
• Установлены генетические связи между почвенным покровом Забайкалья и Монголии;
• Изучены особенности геологического развития Забайкалья;
• Составлена схема структурно-металлогенического районирования Саяно-Байкальской горной области;
• Разработан метод газохимической переработки бурых углей, получены новые материалы – полибензимидазолы (термостойкие полимеры);
• Впервые составлен современный тибетско-русский словарь;
• Издано пять выпусков «Материалов по истории и филологии Центральной Азии»;
• Выполнен ряд фундаментальных работ по развитию производительных сил БурАССР.

Первыми сотрудниками БКНИИ стали 39 специалистов. К 1966 году их число возросло до 307 человек, а квалифицированных научных сотрудников – с 16 до 53 кандидатов и докторов наук. Многие из нынешних сотрудников и ветеранов институтов БНЦ СО РАН начинали работать в БКНИИ.

                           Хроника основных событий

1958

Директора:

д-р филос. наук, проф. Д.Д. Лубсанов (1958–1960)
д-р геол.-минер. наук, проф. О.В. Макеев (1961–1966)

1966

Организован Бурятский филиал СО АН СССР (с 1988 – БНЦ)

Председатели Президиума:
д-р геол.-минер. наук, проф. О.В. Макеев (1966–1969)
д-р вет. наук, проф. В.Р. Филиппов (1969–1975)
д-р хим. наук, чл.-кор. РАН М.В. Мохосоев (1975–1987)
д-р геол.-минер. наук, ак. РАН Н.Л. Добрецов (1987–1988)
д-р филол. наук, проф. В.Ц. Найдаков (1989–1995)
д-р геол.-минер. наук, чл.-кор. РАН И.В. Гордиенко (1995–2007)
д-р истор. наук, чл.-кор. РАН Б.В. Базаров (2007–2016)   

Председатель БНЦ СО РАН, к.и.н. Г.Д.Базарова (с 2017 - 2021)

Директор БНЦ СО РАН, к.и.н. Г.Д.Базарова с 2021 г.

Организован Бурятский институт естественных наук (реорганизован в 1997 г.)

Директора:

д-р геол.-минер. наук, проф. О.В. Макеев (1966–1969)
д-р вет. наук, проф. В.Р. Филиппов (1969–1975)
д-р хим. наук, чл.-кор. РАН М.В. Мохосоев (1975–1987)
д-р техн. наук, проф. К.А. Никифоров (1987–1997)

Организован Бурятский институт общественных наук (с 1997 – Институт монголоведения, буддологии и тибетологии)

Директора:
д-р филос. наук, проф. Д.Д. Лубсанов (1966–1980)
д-р филол. наук, проф. В.Ц. Найдаков (1981–1997)
д-р ист. наук, чл.-кор. РАН Б.В. Базаров (1997–н.вр.)

1973

Организован Геологический институт

Директора:
д-р геол.-минер. наук, чл.-кор. РАН Ф.П. Кренделев (1973–1980)
д-р геол.-минер. наук, ак. РАН Н.Л. Добрецов (1980–1988)
д-р геол.-минер. наук, проф. Э.Г. Конников (1989–1995)
д-р геол.-минер. наук, проф. А.Г. Миронов (1996–2009)

д-р геол.-минер. наук, проф. Г.И.Татьков (2009-2013)

д-р геол.-минер. наук А.А.Цыганков  (2013- н.вр )
 

1981

Организован Биологический институт (с 1989 – Бурятский институт биологии, с 1997 – Институт общей и экспериментальной биологии)

Директора:
д-р биол. наук, чл.-кор. РАСХН Э.Л. Климашевский (1983–1985)
д-р биол. наук, проф. А.Д. Орлов (1985–1986)
д-р биол. наук, чл.-кор. РАН В.М. Корсунов (1986–2006)
д-р биол. наук, проф. Л.Л. Убугунов (2007–н.вр.)

1991

Организован Байкальский институт рационального природопользования  (с 1997 – Байкальский институт природопользования)

Директора:

д-р геогр. наук, чл.-кор. РАН А.К. Тулохонов (1991–2013)

д-р геогр. наук., проф. РАН  Е.Ж. Гармаев  (2013 - н.вр)

1997

Организован Отдел физических проблем при Президиуме БНЦ СО РАН

Зав. отделом: д-р техн. наук, проф. А.П. Семенов (1997–2011)

2008

Организован Отдел региональных экономических исследований при Президиуме БНЦ СО РАН

Зав. отделом:

д-р эконом. наук Н.И. Атанов (2008–2012)

д-р эконом наук., проф. З.Б.-Д.Дондоков (2012 - н.вр.)

2011

Создан Институт физического материаловедения СО РАН

Директор: д-р техн. наук, проф. А.П. Семенов (2011-2017)

Директор:  д.ф.-м.н. А.В. Номоев  (с 20.04.2018)